SpongeBob, der endlich zu den Großen gehören und Mr. Krabs seinen Mut beweisen will, folgt dem Fliegenden Holländer, einem mysteriösen und waghalsigen Geisterpiraten. So beginnt ein aufregendes und lustiges Seeabenteuer, das ihn in die unergründlichsten Tiefen des Meeres führt, wo noch kein Schwamm zuvor gewesen ist.